Die Blütezeit liegt im März. Die Japanlärche ist einhäusig.
Männliche Blüten stehen auf der Unterseite der Triebe. Sie sind klein, tröpfchenförmig und blühen gelb.
Weibliche Blüten stehen zu 1-8 an äußeren Trieben. Ihre Farbe variiert zwischen rahmgelb und rosa.
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